Neste censo foram seguidas novas orientações metodológicas, de acordo com o Congresso Internacional de Estatística de S. Petersburgo, realizado em 1872, que definiu a caraterização da população “de direito” e “de facto”.

Segundo a Carta de Lei de 15 de Março de 1877, este censo deveria realizar-se em 1888, mas a Carta de Lei de 25 de agosto de 1887 adiou para o ano de 1890 e manteve a periodicidade decenal.

No plano executivo este censo apresenta um rigor bastante superior aos anteriores, baseando a recolha de dados em autoridades locais. Do ponto de vista metodológico este recenseamento é igualmente inovador, demonstrando maior cuidado na recolha, tratamento e apresentação dos dados definitivos. Continuou a usar-se o boletim de família, a que se juntavam os boletins de fogos (casas ou locais habitados) e embarcações, tendo sido apurados desta vez o número de famílias e sua constituição (famílias segundo o número de pessoas que a compõem).

Outra inovação consistiu na listagem das casas habitadas e desabitadas, dos estabelecimentos comerciais ou com fins que não os de residência, dos chefes de família e ainda nas caraterísticas toponímicas da zona, além da contabilização dos estrangeiros por nacionalidades e da distinção entre residência e naturalidade.

A população foi classificada segundo a “condição perante o trabalho”: pessoas exercendo uma profissão, pessoas de família sem ocupação lucrativa e serviçais empregados no serviço doméstico e dentro da população com profissão segundo o agrupamento profissional por grandes grupos de atividade (12 categorias profissionais). Quando o indivíduo exercia mais do que uma profissão pedia-se que indicasse a profissão principal.

Foram também publicadas uma nomenclatura e classificação das profissões, juntamente com os dados.

Considerou-se a distinção entre a população urbana e rural classificando-se a população que vivia em vilas capitais de concelho como população urbana.
“Em 5 049 729 habitantes de facto, que o país contava no 1.º de dezembro de 1890, sómente 1 048 802 sabiam ler.” As famílias apresentavam um número médio de 4 indivíduos.