Baseado na Carta de Lei de 25 de agosto de 1887, foi regulamentado pelo Decreto de 3 de agosto de 1900.

A metodologia da recolha de dados, do seu tratamento e apresentação foi semelhante à do censo anterior, tendo-se no entanto registado algumas inovações.

Os dados relativos à religião foram apurados pela primeira vez, com as seguintes categorias: católicos, protestantes, ortodoxos, israelitas, maometanos e sem religião. 

Quanto ao estado civil incluiu-se a categoria “separado judicialmente”.

Pela primeira vez os dados foram tratados mecanicamente, com vista a acelerar a sua publicação dando origem à 1ª publicação com dados provisórios, a que se seguiram 3 volumes com dados definitivos.

“Segundo o Censo de 1900, o Reino tinha 5 423 132 habitantes de facto, dos quais 41 728 eram de naturalidade estrangeira.” As famílias tinham em média 4,2 indivíduos.