A legislação do Sistema Estatístico Nacional (Lei n.º 6/89 de 15 de abril) estabelece a responsabilidade do INE na execução dos recenseamentos. A autorização legislativa concedida pela Lei n.º 3/91 de 17 de janeiro, dá origem ao Decreto-Lei n.º 161/91 de 4 de maio, que define os princípios orientadores e a estrutura executiva para os Censos 91.

Com metodologia semelhante à do censo anterior, desenvolveram-se no entanto algumas das vertentes de preparação da operação e do tratamento dos dados já iniciado em 1981.
Construiu-se uma Base Geográfica de Referenciação Espacial, constituída por um conjunto de suportes cartográficos contendo a informação que permite a divisão das freguesias em secções e subsecções estatísticas. Tornou-se também possível referenciar espacialmente a informação recolhida nos censos e noutras operações estatísticas.

A informação foi tratada de forma totalmente automática, quer em relação às validações quer ao cálculo das variáveis derivadas. Foi também concebido um processo semiautomático de codificação das variáveis alfanuméricas: profissão, ramo de atividade económica, concelhos, países e cursos.

Quanto às variáveis e conceitos, distinguiu-se família clássica e família institucional; distinguiu-se desemprego em sentido lato e em sentido restrito, que diferencia os desempregados entre os que fizeram diligências para encontrar um emprego e os que não fizeram.

Nas deslocações pendulares acrescentou-se a duração do trajeto entre a residência e o local de trabalho ou estudo.

Introduziu-se uma variável sobre o número de trabalhadores na empresa, organismo ou exploração onde o indivíduo exerce a sua profissão o que, cruzado com a profissão e a situação na profissão, permite a construção da variável “grupo socioeconómico” e uma codificação mais correta das profissões dirigentes.

Atendendo às importantes transformações nas estruturas sócio-económicas e profissionais das populações, o INE decidiu utilizar as nomenclaturas internacionais, Classificação Internacional Tipo de Profissões (CITP/88), para codificar as profissões e a Nomenclatura Estatística das Atividades Económicas na Comunidade Europeia (NACE-Rev.1), para as atividades económicas, permitindo assim uma comparabilidade harmonizada internacionalmente, uma vez que a Classificação Nacional de Profissões (CNP-80) e a Classificação das Atividades Económicas Portuguesa (CAE-73) dada a sua desatualização, estavam a ser revistas.

As tipologias relativas às famílias clássicas, aos núcleos familiares e aos alojamentos foram revistas e acrescentadas.

Após a publicação dos dados seguiu-se um processo de disponibilização de informação publicada a outros níveis de desagregação geográfica e de informação não publicada, bem como um ficheiro síntese com 80 campos de variáveis diretas ou modalidades agregadas até ao nível geográfico da secção/subsecção, tendo sempre presente a salvaguarda do segredo estatístico.

Segundo os Censos 91, a população residente era de 9 867 147 indivíduos, 3 147 403 famílias clássicas com um número médio de 3,1 indivíduos, 4 182 616 alojamentos familiares, 11 306 alojamentos coletivos e 2 861 719 edifícios.